Fazer entregas não é barato. Quem possui uma loja virtual ou só vende pela web sabe bem disso. Mas será que vale a pena passar essa taxa para os consumidores? Esse artigo do OpenForum diz que é melhor arcar com os custos do transporte do que perder clientes. E, se você colocar tudo no papel, vai ver que o valor nem é tão alto assim: 40% dos consumidores online deixam de comprar se o frete for caro demais.
Se você decidir que não vai deixar de cobrar o frete, ok. Pode reduzir seu valor (o que já faz uma grande diferença), oferecer outros serviços e prazos menores ou simplesmente deixar as coisas como estão. Afinal, os prejuízos reais 
dependem do tamanho da sua empresa, do mercado, das políticas dos competidores, entre outros fatores. Quem sabe se frete gratuito ajuda ou atrapalha sua empresa é você.
Agora, se você resolveu parar de cobrar essa taxa, precisa tomar cuidado com alguns detalhes. Primeiro, olhe bem para sua atual margem de lucro. É ela que determina se sua empresa consegue cobrir os custos do frete ou não. O aumento das vendas pode compensar esse prejuízo, mas para isso você precisa vender muito mais ou aumentar o preço de cada produto.
Uma saída é fazer como a Amazon, que oferece frete grátis apenas para os clientes premium, que pagam uma taxa anual para ter direito a esses e outros privilégios do site. Ou então oferecer descontos especiais para os consumidores fiéis, que compram na sua loja com certa frequência. Seja como for, o importante é não tentar dar ao cliente mais do que realmente pode, ou logo você não poderá oferecer mais nada.